Rdzeń systemu zarządzania danymi na satelicie (ang. On-Board Data Handling System - OBDH) potocznie nazywa się komputerem pokładowym. OBDH Core dla ESEO projektowany jest w oparciu o komputer w przemysłowym standardzie PC/104, wyposażony w procesor Pentium.

OBDH Core steruje przepływem danych po satelicie jak również przepływem danych między satelitą a stacją naziemną (ang. Ground Station - GS) używając łącza radiowego udostępnianego przez podsystem komunikacyjny COMM. W efekcie OBDH umożliwia GS monitorowanie i sterowanie ESEO. Jednakże OBDH jest autonomiczny do pewnego stopnia. Kiedy nie ma widoczności z Ziemią OBDH wykonuje terminarz misji i monitoruje kluczowe parametry. W razie wykrycia awarii podejmuje kroki w celu złagodzenia ich konsekwencji.

Oprogramowanie działa na systemie Linux wyposażonym w jądro 2.6.9 z patchem Adeos oraz bibliotekami i modułami Real-Time Application Interface. Pisane jest w języku C++. Mniejsze fragmenty pisane są w języku C.

OBDH Core, razem z komputerem nawigacyjnym dostarczonym przez zespół z Portugalii (AOCS) zamknięty jest w aluminiowym pudełku. Na OBDH Core składają się trzy płytki w formacie przemysłowym PC/104. Pierwsza z nich to komputer PC. Druga to płytka pomocnicza (eng. Auxiliary Board), której głowna funkcja to komunikacja z innymi podsystemami za pomocą dwóch magistral typu CAN. Trzecia to moduł zasilający konwertujący napięcie z 28V na 5V. Aux. board i płytka z zasilaniem są wykonane całkowicie przez studentów SKIK.